Honeycomb Beat is een puzzelgame waarin muziek centraal staat. De game bevat meer dan 200 unieke puzzels die je kunt oplossen met behulp van het aanrakingsgevoelige scherm van de Nintendo DS. Je moet iedere puzzel oplossen door de honingraatvakjes aan te wijzen en ze hierdoor te veranderen in de kleuren van de vakjes rondom. Door verschillende vormen en patronen te maken met deze kleuren je vakjes laten verdwijnen. In de Puzzle modus krijg je te maken met hersenkrakende uitdagingen en complexe puzzels. In de Evolution modus beweegt het speelbord zich opwaarts en moet je lijnen elimineren voordat het te laat is.