In Neptunia: Sisters VS Sisters speel je als de Goddess Candidates, geleid door Nepgear, die ontwaken uit een twee jaar durende slaap in een Gamindustri die op zijn kop is gezet door een verraderlijke dreiging genaamd het Trendi-fenomeen. Terwijl ze sliepen, gebruikten de inwoners van Gamindustri een nieuw apparaat genaamd de rPhone als hun belangrijkste communicatiemiddel, omdat ze hun huizen niet konden verlaten terwijl er buiten monsters op de loer lagen.

Werk nu samen met zowel nieuwe als oude vrienden om de totale vernietiging van Gamindustri zoals wij die kennen te voorkomen!